Музей расположен в историческом здании Московского Епархиального дома. Именно здесь в 1917-1918 году проходили заседания Поместного Собора, принявшего решение о восстановлении на Руси Патриаршества. Из пятисот участников Собора большинство впоследствии подверглись репрессиям, многие были убиты. Пятьдесят из них сегодня прославлены в лике святых.

Материалы экспозиции – архивные документы и фотографии, поврежденные иконы и литургические предметы, личные вещи людей, подвергшихся репрессиям, – рассказывают о богоборческой политике власти, о реакции Церкви на нее, о личном выборе, который приходилось делать каждому.

​Особое внимание в экспозиции уделено священномученику митрополиту Владимиру, основателю Московского Епархиального дома, и Святителю Тихону, «самому доброму патриарху в самое злое время», как о нем говорили при жизни.

​Музей памяти новомучеников и исповедников российских – это уникальное собрание экспонатов, повествующих о трагических страницах истории Церкви в период советской власти. Но это не мемориальная экспозиция, обращенная в прошлое, не музей скорби. Это повествование о победе Жизни и Любви, о торжестве Христовой правды, которая остается неизменной в любых исторических обстоятельствах.

Экспозиция Музея памяти новомучеников и исповедников российских предназначена для взрослых, интересующихся историей Русской Православной Церкви и новейшей историей России.