Церковно-археологический музей ПСТГУ был создан в 2002 году на базе кафедры реставрации икон ПСТБИ (ныне – кафедра реставрации ПСТГУ). Создание музея было обусловлено необходимостью развития просветительской деятельности в церковных кругах, направленной на сохранение церковных святынь, а также составлением коллекции поздних икон, практически не представленных в сложившихся музейных собраниях.

Особенностью музея является его тесное сотрудничество с кафедрой реставрации ПСТГУ. Это не просто «древлехранилище», но живая лаборатория, в которой фонды хранения и реставрационные мастерские составляют единое целое. Здесь осуществляется профессиональная реконструкция, при которой подлинная часть памятника полностью сохраняется, а утраченные элементы воссоздаются с помощью специальной технологии. Подобный подход позволяет снова воспринять образ в его целостности, во всей его полноте.

За почти двадцать лет существования ЦАМ его собрание выросло в полноценный музей с фондами, составляющими несколько тысяч единиц хранения, – от археологии до произведений современного церковного искусства.